Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat (LPPM) Universitas Djuanda didirikan pada tahun 1990 dengan SK Rektor: 281/01/I-KPT/XI/90 yang diperbaharui dengan SK Nomor 092/2012 tentang Pembentukan Lembaga Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat (LPPM) Universitas Djuanda Bogor. SK No. 090/2011 tentang pemberhentian dan pengangkatan Direktur Lembaga Riset dan Pengembangan (RISBANG) Universitas Djuanda Bogor dan SK Nomor 20/2012 tentang Pengangkatan Pejabat -Pejabat Struktural di Lingkungan Universitas Djuanda Bogor. Pendirian LPPM merupakan bagian dari upaya untuk meningkatkan kualitas penelitian dan pengabdian kepada masyarakat. LPPM dibentuk untuk mengkoordinasikan dan memfasilitasi semua kegiatan penelitian serta pengabdian yang dilakukan oleh dosen dan mahasiswa universitas. Fokus awal LPPM adalah untuk menciptakan sinergi antara kegiatan akademik dan pengembangan masyarakat.
Pada tahun 2012 setelah pembentukan, LPPM mulai mengembangkan struktur organisasi dan menetapkan program-program penelitian dan pengabdian yang lebih terarah. LPPM juga mulai mendorong dosen untuk lebih aktif dalam penelitian dengan memberikan pelatihan dan penyuluhan tentang cara menulis proposal penelitian yang baik serta bagaimana memanfaatkan dana penelitian yang tersedia. Selanjutnya LPPM Universitas Djuanda mulai memperkenalkan sistem pendanaan internal untuk mendukung kegiatan penelitian dosen dan mahasiswa. Pada tahun ini, universitas meluncurkan berbagai program penelitian unggulan yang fokus pada pemecahan masalah lokal dan nasional. Beberapa penelitian yang dilakukan juga melibatkan kerjasama dengan industri dan pemerintah daerah.
Pada tahun 2016 LPPM Universitas Djuanda mulai membangun kerjasama dengan berbagai institusi penelitian baik di tingkat nasional maupun Internasional. Hal ini dilakukan untuk meningkatkan kualitas dan dampak dari penelitian yang dilakukan oleh para peneliti di Universitas Djuanda. Selain itu, program pengabdian kepada masyarakat semakin digalakkan dengan fokus pada pemberdayaan masyarakat. Selanjutnya, pada tahun 2018, LPPM mulai menyusun program-program penelitian yang lebih berbasis pada kebutuhan masyarakat. Program ini didorong oleh pentingnya kontribusi universitas dalam menciptakan solusi yang langsung dapat diterapkan di lapangan, terutama dalam konteks pengembangan wilayah pesisir dan pedesaan yang menjadi fokus utama Universitas Djuanda melalui berbagai workshop, seminar, dan pelatihan terkait metodologi penelitian, serta teknik-teknik terbaru dalam pengabdian kepada masyarakat. Selain itu, LPPM juga mulai fokus pada publikasi internasional dan mendukung para peneliti untuk menerbitkan hasil riset mereka di jurnal internasional.
Pada tahun 2020, Pandemi Covid-19 memberikan tantangan baru bagi LPPM Universitas Djuanda. LPPM segera beradaptasi dengan situasi ini dengan mengalihkan sebagian besar kegiatan penelitian dan pengabdian kepada masyarakat ke platform digital. LPPM juga berperan aktif dalam membantu pemerintah daerah dalam penanganan pandemi melalui berbagai riset terkait kesehatan dan pemberdayaan masyarakat untuk memitigasi dampak sosial-ekonomi dari Covid-19. LPPM Universitas Djuanda berhasil meraih berbagai prestasi dalam bidang penelitian dan pengabdian kepada masyarakat. Banyak riset yang dihasilkan telah dipublikasikan di jurnal internasional dan diterapkan dalam pengembangan teknologi yang bermanfaat bagi masyarakat. Program pengabdian yang berbasis pada pemberdayaan masyarakat memberikan dampak positif, dengan hasil yang bisa dirasakan langsung oleh masyarakat. LPPM terus berupaya untuk menjadi pusat penelitian dan pengabdian yang unggul dan berkontribusi besar pada pembangunan nasional
Pada tahun 2022, sesuai dengan Pertauran Yayasan Pusat Studi Pengembangan Islam Amaliyah Indonesia Nomor 2 Tahun 2022 tentang Susunan Organisasi dan Tata Kerja Universitas Djuanda, dan dalam rangka efektivitas program kerja, Universitas Djuanda merubah LPPM menjadi Lembaga Penelitian, Pengabdian, dan Pengembangan Keilmuwan atau LPPPK (LP3K). LP3K mulai menguatkan berbagai Unit seperti Penelitian, Pengabdian, Publikasi, Writing Centre dan Hak Kekayaan Intelektual menjadi pusat pengembangan sumber daya manusia dari hulu sampai hilir sehingga dapat meningkatkan kompetensi civitas akademika Universitas Djuanda untuk menjadi unggul berlandaskan Tauhid dan berstandar internasional, dengan program-program berdampak baik secara lokal, nasional dan internasional.